出口加工區又是一種具備保稅功能的海關監管區，不同點在于它是由國務院審批設立，加工區內企業一律施實行“境內關外“政策，貨物進入區內視同出口，即可享受退稅；進口貨物進入區內可不用繳納關稅；區內企業對保稅物料可進行加工、制造、裝配及維修等增值服務；如從區內銷售到區外，視同進口，需要做進口清關，并繳納相關稅費，即成為非保稅貨物。早期設立出口加工區目的在于增加外匯，解決勞動就業，還可借助入駐的外資企業形成國內市場的技術落地，并承接了大量國外產業轉移項目，雖然有利因素很多，但長期下來也形成了產品附加值低，過于依賴加工貿易等進出口弊端。未來，出口加工區則承擔著區域產業結構調整的功能，提高產品附加值，而新疆境內的出口加工區也將向這一方向發展，具備向中亞、西亞、中東以及歐洲地區提供進出口加工貿易的優勢。

承接中亞市場加工貿易需求。我國出口加工區東多西少，加工貿易量也因此東部占比較大，原因在于東部地區產業結構完善，西部地區產業資源因成本、技術等因素，發展相對緩慢，新疆出口加工區也同樣如此，由于當地早期以農業為主，重工業、制造業及輕工業占比不高，因此，對于出口加工區的功能應用不高，但中亞市場對于加工貿易需求仍在，比如中亞各國農產品、礦產、建材類深加工技術有限，而我國在某些初級產品深加工方面積累了豐富的經驗和技術，完全可以利用新疆的區位優勢，通過加工貿易優勢滿足中亞國家市場，提高產品附加值和競爭力。

新疆境內現有烏魯木齊出口加工區，該區自2003年設立以來，已有大量企業入駐，區內企業不僅享有海關提供的簡單、快捷的通關政策，還享有出口加工區和國家經濟技術開發區特有的優惠政策，有利于入區企業降低經營成本，比如對企業所使用的進口機器設備、模具、原材料、零部件等予以免稅，對于外匯管制更加便利，均無需對收付匯辦理核銷手續，因此，區內所加工制造和維修的產品均不繳納任何稅費，增加了產品在境外的市場競爭力。

最后，還要說說進入新疆出口加工區的目的，目前，所有出口加工區仍以兩頭在外的加工貿易模式為主，而加工貿易的核心特點依然在于依靠勞動密集型產業進行加工制造，新疆具備勞動力優勢，但就周邊中亞國家特點，勞動力成本已不具備核心優勢，隨著中東部一些大型生產制造業前往新疆投資建廠，新疆出口加工區也將向技術密集型轉移，提高加工貿易技術含量，增加產品附加值，甚至在一些低利潤率的加工貿易上做出取舍，不然，后期仍存在競爭力減弱的趨勢。

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